Marți 26 iulie 2016, Părintele francez a fost ucis în timp ce celebra Sfânta Liturghie în biserica catolică din Saint-Etienne-du-Rouvray, localitate aflată în nordul Franţei. Două persoane înarmate cu cuțite au luat ostatici alte patru persoane prezente la celebrare, două dintre acestea fiind călugărițe. Cei doi atacatori au fost neutralizați în urma intervenției forțelor speciale. Pe lângă preotul ucis, o altă persoană este grav rănită.
Sfântul Scaun a declarat că Papa Francisc ia parte la durerea și oroarea creată de această absurdă violență, condamnând în mod radical orice formă de ură și rugându-se pentru victime. „Sfântul Părinte este deosebit de îndurerat de acest act de violență care a avut loc într-o biserică în timpul celebrării unei Sfinte Liturghii, act liturgic prin care implorăm de la Dumnezeu darul păcii pentru lumea întreagă”, a subliniat Secretarul de Stat al Sfântului Scaun Cardinalul Pietro Parolin, într-o telegramă adresată Arhiepiscopului de Rouen Dominique Lebrun. Papa Francisc, se spune în telegrama de condoleanțe, „se roagă lui Dumnezeu, Tatălui Milostiv, ca Părintele Jacques Hamel să fie primit în pacea și în lumina Sa, și să dăruiască alinare persoanei rănite”, și totodată „îi cere Domnului să inspire tuturor gândurile de reconciliere și de fraternitate în această nouă încercare".
Pe foaia parohială din luna iunie 2016, Părintele Jacques Hamel scria: „Fie ca noi să auzim în aceste momente chemarea lui Dumnezeu de a avea grijă de această lume, de a face din ea, acolo unde trăim fiecare, o lume mai caldă, mai umană, mai fraternă. (...) Să fim atenți la ceea ce se întâmplă în lumea noastră în acest moment. Să ne rugăm pentru cei care au cea mai mare nevoie de rugăciunea noastră, pentru pace, pentru a trăi mai bine împreună”.
Părintele Jacques Hamel era în vârstă de 86 de ani, a fost hirotonit preot în 1958, sărbătorindu-și jubileul de aur al preoției în anul 2008.
